| ムササビ | | | | Petaurista leucogenys | Japanese giant flying squirrel |
| エゾリス | | | | Scriurus vulgaris orientis | Hokkaido Squirrel |
| アマミノクロウサギ | 高音声 | | | Pentalagus furnessi | Amami rabbit |
| エゾナキウサギ | | |  | Ochotona hyperborea yesoensis | Japanese pika |
| キツネ | ホンド | | | Vulpes vulpes | Red Fox |
| 亜種キタキツネ | | | | Vulpes vulpes schrencki | Ezo red fox |
| 亜種ホンドギツネ | | | | Vulpes vulpes japonica | ssp. Japanese Red Fox |
| ニホンザル |
| ♂
| | Macaca fuscata | Japanese Macaque |
| 亜種ホンドザル | | | | Macaca fuscata fuscata | ssp. Japanese macaque |
| 亜種ヤクシマザル | | | | Macaca fuscata yakui | ssp. Yakushima Macaque |
| ニホンジカ |
| 警戒声 | | Cervus nippon | |
| 亜種エゾシカ | | | | Cervus nippon yesoensis | ssp. Hokkaido Sika Deer |
| 亜種ツシマジカ | | | | Cervus nippon pulchellus | ssp. Tsushima Sika Deer |
| 亜種ヤクシカ | | | | Cervus nippon yakushimae | ssp. Yakushima Sika Deer |
| 亜種ケラマジカ | | | | Cervus nippon keramae | ssp. Black sika deer |
| イノシシ | | リュウキュウ | | Sus scrofa | Wild boar |
| 亜種ニホンイノシシ | | | | Sus scrofa leucomystax | ssp. Japanese wild boar |
| 亜種リュウキュウイノシシ | | | | Sus scrofa riukiuauns | ssp. Ryukyu wild boar |
| クビワオオコウモリ | オリイ | ヤエヤマ | | Pteropus dasymallus | Ryukyu flying fox |
| 亜種オリイオオコウモリ | | | | Pteropus dasymallus inopinatus | ssp. |
| 亜種ヤエヤマオオコウモリ | | | | Pteropus dasymallus yayeyamae | ssp. |
| オガサワラオオコウモリ | | | | Pteropus pselaphon | Bonin flying fox |
| キクガシラコウモリ | 69kHz | | | Rhinolophus ferrumequinum | greatr horseshoe bat |
| オキナワコキクガシラコウモリ | 110kHz | | | Rhinolophus pumilus | Okinawa Least Horseshoe Bat |
| ヤエヤマコキクガシラコウモリ | 92kHz | | | Rhinolophus perditus | Yaeyama Least Horseshoe Bat |
| カグラコウモリ | 84kHz | | | Hipposideros turpis | Lesser Roundleaf Bat |
| ユビナガコウモリ | 51lHz | | | Miniopterus fuliginosus | eastern bent-winged bat |
| リュウキュウユビナガコウモリ | 51kHz | | | Miniopterus fuscus | Ryukyu Bent-winged Bat |
| イエコウモリ（アブラコウモリ） | 46kHz | | | Pipistrellus abramus | Japanese Common Pipistrelle |
| ヒナコウモリ | 飛行24khz | 静止17kHz | | Vespertilio superans | Asian Particolored Bat |
| ザトウクジラ | | | | Megaptera novaeangliae | Humpback Whale |
| マッコウクジラ | | | | Physeter macrocephalus | Sperm Whale |
| ミナミハンドウイルカ | クリック | | | Tursiops truncatus aduncus | Indian-Pacific Bottlenose Dolphin |
